A necessidade de controlar a população de javalis em expansão levou o governo federal a regulamentar o controle populacional do javali, uma atividade que muitos veem como caça. Além de grandes prejuízos econômicos e ambientais, o javali pode causar problemas de saúde pública, pois é capaz de transmitir doenças aos seres humanos − as zoonoses. 

Manejar uma população de animais silvestres significa realizar ações que buscam aumentar a população de espécies animais que estão em risco de extinção; ou realizar ações que reduzam a população de espécies que estão desequilibrando o ambiente e colocando outras espécies vivas em risco de extinção. No caso do javali, o controle da população implica diminuir a taxa de natalidade por meio da eliminação (isto é, abate) dos animais em fase reprodutiva, especialmente das categorias de fêmeas adultas, jovens e filhotes. Nas áreas onde há grande disponibilidade de alimentos, apenas a remoção de uma quantidade significativa dessas categorias animais, por meio do controle populacional, pode afetar o crescimento ou expansão da população. 

A Instrução Normativa Ibama n.o  141, de 19 de dezembro de 2006, que regulamenta o controle e o manejo ambiental da fauna sinantrópica nociva, define controle da fauna como a captura de espécimes animais seguida de soltura, com intervenções de marcação, esterilização ou administração farmacológica, captura seguida de remoção, captura seguida de eliminação ou eliminação direta de espécimes animais. 

O controle populacional de espécies para fins de preservação da saúde pública e da proteção da agricultura e da pecuária não se confunde com a atividade de caça. A Lei Federal n.o  5.197/67 proíbe a utilização, a perseguição, a destruição, a caça ou a apanha de animais silvestres e seus ninhos, abrigos e dos criadouros onde se reproduzem e vivem. Mas a mesma lei permite a atividade da controle populacional em situações peculiares. Esta lei dispõe que o controle populacional depende de permissão expressa  do poder público federal mediante ato regulamentador. No caso dos javalis, essa permissão é tratada pelo Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama) por meio das Instruções Normativas n.o  3/2013 e n.o  12/2019. 

Sobre o artigo 204 da Constituição do Estado de São Paulo que diz: “Fica proibida a caça, sob qualquer pretexto, em todo o Estado”, o plenário do Supremo Tribunal Federal (STF), em julgamento da Ação Direta de Inconstitucionalidade n.o  350, em 21/6/2021, concluiu que o art. 204 da Constituição Estadual não tem a intenção de vedar as atividades de “destruição” de animais para fins de controle, pois não implicam riscos ao meio ambiente, mas ao reequilíbrio do ecossistema e, se devidamente fiscalizadas, cumprem relevante função de proteção ao meio ambiente. O acórdão interpreta a expressão “sob qualquer pretexto” em conformidade à Constituição, esclarecendo que a vedação na norma estadual não inclui a “destruição” de animais para fins de controle e coleta para fins científicos (previstas nos arts. 3 e 14 da Lei Federal n.o  5.197/1967).

Os controladores devem verificar se o animal está com as orelhas, língua, patas ou o focinho com bolhas e feridas, se tem coloração azulada ou arroxeada, manchas vermelhas ou roxas na pele ou se apresentam comportamento alterado quando da sua captura e abate (ou eliminação). Se observar esses sinais, o controlador deve suspeitar que o animal está doente, não deve transportar sua carcaça e, assim que possível, deve informar a unidade de Defesa Agropecuária mais próxima. Se encontrar javalis ou javaporcos mortos, informe no aplicativo SISS-GEO.
No Estado de São Paulo, caso o produtor rural (ou qualquer pessoa) queira se tornar um controlador da
população de javalis, deve entrar em contato com a Superintendência do Ibama. Ele pode pedir orientação
aos veterinários do serviço oficial estadual de defesa sanitária animal ou da extensão rural. Se verificar
a presença de javalis ou porcos de vida livre na sua região, informe sempre que possível pelo aplicativo
SISS-GEO. Se quiser também pode informar com relatos, fotos ou vídeos dos danos agrícolas, pecuários
ou ambientais aos órgãos da Secretaria de Agricultura e Abastecimento, a Defesa Agropecuária ou a CATI.